栽培基质使用一段时间（1~3年）后，各种病菌、作物根系分泌物和烂根大量积累，物理性状变差，特别是有机残体为主体材料的栽培基质，由于微生物的分解作用使用这些有机残体的纤维断裂，从而导致栽培基质通气性下降，保水性过高，这些因素会影响作物生长，因而需要更换栽培基质。

使用栽培基质进行无土栽培也提倡轮作，如前茬种植番茄，后茬就不应种茄子等茄科蔬菜，可改种瓜类蔬菜。栽培基质消毒不能保证彻底杀灭病菌和虫卵，轮作或更换栽培基质才是更保险的方法。

更换下来的旧栽培基质可经过洗盐、灭菌、离子重新导入、氧化等方法再生处理后可以重新用于无土栽培，也可施到农田中作为改良土壤之用。难以分解的栽培基质如岩棉、陶粒等可进行填埋处理，防止对环境二次污染。

（椰糠栽培基质是最新型的基质，有关介绍参见本公司的网站。）